La Corte Suprema confirmó el rechazo de un recurso de protección y estableció que el reintegro de remuneraciones indebidamente percibidas por licencias médicas rechazadas no solo constituye una facultad del empleador, sino también una obligación destinada a resguardar su presupuesto.
La Corte Suprema en causa rol N° 11102-2026 en sentencia de 20 de agosto, confirmó el fallo dictado el 23 de febrero del mismo año por la Corte de Apelaciones de Iquique, que rechazó una acción de protección interpuesta contra la Corporación Municipal de Desarrollo Social de Iquique por descuentos efectuados sobre remuneraciones vinculadas a licencias médicas rechazadas.
La recurrente, funcionaria del CESFAM Sur de Iquique sujeta al Estatuto de Atención Primaria de Salud Municipal, cuestionó descuentos practicados en sus remuneraciones de diciembre de 2025 y enero de 2026. Según expuso ante la Corte de Iquique, las rebajas alcanzaron $604.385 en la primera liquidación y aproximadamente $690.000 en la segunda.
La trabajadora sostuvo que las licencias habían sido rechazadas por la COMPIN de manera extemporánea y que habría operado el silencio administrativo positivo contemplado en el artículo 25 del Decreto Supremo N° 3. También alegó falta de fundamentación y actividad probatoria en el procedimiento, afirmando que no existía una resolución administrativa firme ni una sentencia que habilitara la privación de sus remuneraciones.
La Corporación pidió rechazar el recurso. Argumentó que, al haber sido rechazada la licencia médica por incumplimiento del reposo, surgió la obligación legal de restituir las cantidades percibidas durante el período respectivo. Añadió que el reclamo posterior había sido desestimado el 10 de noviembre de 2025 y sostuvo que los descuentos constituían recuperación de dineros indebidamente percibidos y no una sanción contra la funcionaria.
La Corte de Apelaciones comenzó su análisis recordando el carácter cautelar de la acción prevista en el artículo 20 de la Constitución. Para que proceda la protección, señaló, debe existir un acto u omisión ilegal —contrario a un precepto normativo obligatorio— o arbitrario, entendido como una actuación carente de razonabilidad.
Luego identificó concretamente el acto impugnado, los descuentos efectuados en las liquidaciones de diciembre de 2025 y enero de 2026 para obtener el reintegro de remuneraciones percibidas durante períodos correspondientes a licencias médicas rechazadas por incumplimiento del deber de reposo.
La Corte acudió al Decreto Supremo N° 3 del Ministerio de Salud. Citó su artículo 1, relativo al concepto de licencia médica; el artículo 16, sobre las facultades de la COMPIN o Isapre para aprobar, rechazar o modificar las licencias; y el artículo 55, que contempla el rechazo o invalidación por incumplimiento del reposo indicado.
El tribunal puso especial atención en el artículo 63 del mismo reglamento. Esa disposición establece la obligatoriedad de devolver o reintegrar las remuneraciones o subsidios indebidamente percibidos por el beneficiario de una licencia no autorizada, rechazada o invalidada, y ordena al empleador adoptar las medidas conducentes para obtener ese reintegro.
Sobre esa base, la Corte de Iquique concluyó que el proceder de la Corporación Municipal de Desarrollo Social no podía considerarse ilegal ni arbitrario. La razón decisiva fue que los rechazos de las licencias médicas habían sido confirmados por la COMPIN y no constaba que la recurrente hubiera reclamado esa decisión ante la Superintendencia de Seguridad Social. Para el tribunal, ello bastaba para rechazar la protección.
La Corporación había planteado, además, la existencia de litispendencia respecto del recurso de protección Rol N° 1734-2025, que en ese momento se encontraba en tramitación ante la Corte Suprema.
La Corte de Iquique rechazó esa alegación porque el proceso anterior se refería a la liquidación de remuneraciones de octubre de 2025. Agregó que en la nueva causa se habían incorporado antecedentes distintos, particularmente las resoluciones de la COMPIN que confirmaban el rechazo de las licencias y las constancias de su notificación por correo electrónico.
En consecuencia, el tribunal rechazó la acción constitucional mediante sentencia de 23 de febrero de 2026.
Al conocer la apelación, la Corte Suprema recordó que el recurso de protección es una acción constitucional de urgencia y naturaleza autónoma, destinada a amparar derechos preexistentes frente a actos u omisiones arbitrarios o ilegales. Añadió que, al carecer de las garantías procesales propias de un juicio declarativo de lato conocimiento, esta vía cautelar solo protege derechos no controvertidos o indubitados.
El máximo tribunal estableció dos hechos no controvertidos. Primero, que se había practicado a la recurrente un descuento en su remuneración por concepto de “retención licencias médicas rechazadas”. Segundo, que al momento de ejecutarse ese descuento la COMPIN ya se había pronunciado respecto de la licencia y había negado lugar a la reclamación deducida contra su rechazo.
A partir de esos antecedentes, la Corte delimitó la controversia a una cuestión específica, esto es, determinar si el empleador se encontraba facultado para ejecutar el descuento una vez rechazada la reclamación por la COMPIN.
Al respecto la Corte Suprema recurrió al artículo 63 del Decreto Supremo N° 3 de 1984, destacando que la norma impone al empleador el deber de adoptar las medidas conducentes al inmediato reintegro de las remuneraciones o subsidios por incapacidad laboral indebidamente percibidos.
El fallo incorporó además el artículo 69 de la Ley N° 18.883, según el cual no pueden percibirse remuneraciones por el tiempo no efectivamente trabajado, salvo los supuestos expresamente contemplados en esa disposición, entre ellos licencias y permisos en los casos previstos por el estatuto.
De la interpretación armónica de ambas disposiciones, la Tercera Sala concluyó que el descuento efectuado por el empleador sobre las remuneraciones correspondientes a licencias médicas rechazadas por la COMPIN había sido correctamente realizado.
La Corte agregó que el reintegro mediante descuento “no sólo es una facultad” del órgano administrativo empleador, sino también una obligación orientada a mantener a salvo su presupuesto. En esa perspectiva, la actuación de la Corporación correspondió al cumplimiento del imperativo establecido en el artículo 63 del Reglamento de Autorización de Licencias Médicas de adoptar las medidas conducentes al reintegro.
