Cada estructura interna orientará sus funciones para cumplir con la misión institucional de proteger el medio ambiente.
El 30 de diciembre se publicó en el Diario Oficial la resolución N° 2.516, de la Superintendencia del Medio Ambiente, que fija su organización interna.
La Superintendencia del Medio Ambiente estará conformada de las siguientes unidades administrativas: Superintendente, Fiscalía, Divisiones, Departamentos y Oficinas. Cada una de las unidades orientará sus funciones para cumplir con la misión institucional de proteger el medio ambiente y la salud de la población, asegurando el cumplimiento de la normativa ambiental, facilitando el acceso a la justicia ambiental.
La Superintendencia estará a cargo de un Superintendente, a quien corresponderá ejercer todas las funciones que el ordenamiento jurídico atribuye a un jefe de servicio.
A su vez, el Fiscal, dependerá directamente del Superintendente y cumplirá las funciones que se señalan en la norma. Conforman parte de la Fiscalía, el Departamento Jurídico y el Departamento de Sanción y Cumplimiento, ambas unidades estarán a cargo de un jefe de departamento, que dependerá directamente del Fiscal y sus funciones particulares se señalan en la resolución.
Por otro lado, establece dos divisiones, la División de Fiscalización y Conformidad Ambiental y División de Seguimiento e Información Ambiental, cada una con sus respectivas funciones.
En cuanto a los departamentos, establece dos: Departamento de Administración y Finanzas, y el Departamento de Gestión Institucional.
Finalmente, establece diversas oficinas, tales como: la Oficina de Auditoría Interna, la Oficina de Transparencia, Participación y Atención Ciudadana, el Laboratorio de alta complejidad, entre otras.