La Contraloría había tomado razón de las resoluciones que autorizaron el traslado de los fondos previsionales por lo que no cabía desconocer sus efectos.
El 31 de marzo, la Tercera Sala de la Corte Suprema, en la causa rol N° 59.123-2024, revocó la sentencia apelada del 20 de noviembre de 2024 dictada por la Corte de Apelaciones de Santiago. En su lugar, acogió el recurso de protección interpuesto, dejando sin efecto tanto el Oficio ES N° 109.556 de 28 de septiembre de 2023 como la Resolución Folio E482831/2024 de 2 de mayo de 2024, ambas emitidas por la Contraloría General de la República. Además, ordenó que se tomara razón de la Resolución N° 1.244 de 18 de mayo de 2023, que había concedido al recurrente una pensión de retiro y una indemnización de desahucio, para que se tramitaran dichos beneficios.
El recurso de protección fue presentado por un particular contra la Contraloría General de la República, debido a la emisión de la Resolución Folio E482831/2024, que rechazó la reconsideración sobre el Oficio ES N° 109.556 de 2023. Este oficio había invalidado la Resolución N° 1.244 de 2023 de la Subsecretaría para las Fuerzas Armadas, que había concedido la pensión de retiro al recurrente. El actor argumentaba que esta actuación era ilegal y arbitraria, ya que desconocía su derecho a obtener la pensión en la Caja de Previsión de la Defensa Nacional, vulnerando sus derechos fundamentales a la igualdad ante la ley y al derecho de propiedad, garantizados por la Constitución. Por lo tanto, solicitaba que se anularan las resoluciones mencionadas y se ordenara tomar razón de la Resolución N° 1.244 de 2023.
La Corte de Apelaciones de Santiago rechazó el recurso, argumentando que el tema planteado estaba relacionado con la interpretación y aplicación de la Ley N° 18.458 sobre el Régimen Previsional del Personal de la Defensa Nacional. La Corte consideró que la Contraloría General de la República estaba facultada constitucionalmente para revisar la legalidad de la resolución que otorgó la pensión de retiro al recurrente y, si encontraba defectos, podía hacer observaciones al respecto. Añadió que la existencia de la Resolución N° 32 de 2007, que permitió el traspaso de los fondos previsionales del actor a la Caja de Previsión de la Defensa Nacional, no impedía la interpretación actual que bloqueaba su derecho a pensionarse en dicho régimen. A pesar de ello, la Corte señaló que el actor no tenía un derecho adquirido a pensionarse bajo esas condiciones, y que la resolución del traspaso de fondos solo representaba una presunción de legalidad que la Contraloría podía desvirtuar si encontraba defectos legales. Por esta razón, la Corte desestimó el recurso, aunque reconoció que el asunto podría resolverse a través de acciones judiciales ordinarias.
Este fallo fue apelado ante la Corte Suprema, y la Corte revocó la decisión anterior. La Corte Suprema señaló que, en 2017, la Subsecretaría de las Fuerzas Armadas había dictado la Resolución N° 855, que concedió al recurrente una pensión de retiro y una indemnización de desahucio, la cual fue representada por la Contraloría General, que también rechazó la reconsideración presentada por el actor contra esta resolución. Además, destacó que otros particulares que también habían obtenido pensión de retiro e indemnización de desahucio mediante las Resoluciones N° 1.138 y N° 1.692 del 2017, interpusieron un recurso de protección, tramitado bajo el Rol N° 35-2020. En este caso, la Corte Suprema dictó un fallo el 15 de marzo de 2021 que acogió el recurso, fundamentándose en que la Contraloría había tomado razón de las resoluciones que autorizaron el traspaso de los fondos previsionales de los recurrentes desde la AFP hacia la Caja de Previsión de la Defensa Nacional. En consecuencia, no se podía desconocer los efectos de esas resoluciones, ya que hacerlo invalidaría el proceso de control de legalidad realizado por la Contraloría.