El descuento por una licencia médica rechazada o reducida se debe realizar, pues de lo contrario se genera un enriquecimiento ilícito.
El 17 de septiembre de 2025, la Tercera Sala de la Corte Suprema, en causa rol N° 13.725-2025, confirmó la sentencia de la Corte de Apelaciones de Santiago de 1 de abril del mismo año, que había rechazado un recurso de protección interpuesto contra la Ilustre Municipalidad de Santiago.
La acción constitucional fue presentada por seis particulares, quienes acusaron la existencia de actos ilegales y arbitrarios por parte de la Municipalidad, consistentes en aplicar descuentos en las remuneraciones bajo el ítem “Reintegro L. Médicas 2024”, correspondientes a licencias médicas rechazadas por la COMPIN. Alegaron que tales descuentos se hicieron retroactivamente, sin aviso previo ni negociación, alterando una práctica consolidada de pago íntegro durante licencias médicas. Según los recurrentes, esta actuación vulneraba sus derechos fundamentales de propiedad, igualdad ante la ley, seguridad social y debido proceso (art. 19 N° 24, 2, 18 y 3 de la Constitución), por lo que solicitaron la restitución de lo descontado y que se ordenara a la Municipalidad abstenerse de realizar nuevos descuentos.
Argumentaron, además, que la Dirección de Educación Municipal había mantenido históricamente la práctica de pagar íntegramente las remuneraciones durante los períodos de licencia, lo que configuraría un acuerdo tácito reconocido en jurisprudencia previa, citando la sentencia Rol N° 49.812-2020 de la Corte de Apelaciones de Santiago.
La Corte de Apelaciones, al rechazar el recurso, citó el Decreto Supremo N° 3 de 1984 del Ministerio de Salud y el artículo 63 de su reglamento, que obligan al empleador a exigir el reintegro de remuneraciones o subsidios indebidamente percibidos cuando una licencia médica es rechazada por la COMPIN, ISAPRE o la Superintendencia de Seguridad Social. Asimismo, sostuvo que la Contraloría tiene el deber de resguardar recursos públicos y ordenar la devolución de pagos erróneos, pues de lo contrario se produciría un enriquecimiento ilícito en perjuicio de la institución.
El tribunal también recogió pronunciamientos de la Dirección del Trabajo (dictamen N° 120/06, de 20 de enero de 2023) y de la Contraloría General de la República (dictámenes E82937-21 de 5 de marzo de 2021 y N°56.059 de 2016), los cuales establecen que los descuentos por licencias médicas rechazadas o reducidas resultan plenamente procedentes desde que la COMPIN emite su resolución, la cual pone fin al procedimiento administrativo sin contemplar apelación.
Refiere que, durante los períodos de descanso, la Dirección de Educación Municipal procedió a pagar íntegramente las remuneraciones de los trabajadores, tal como había sido la práctica habitual durante varias administraciones. Esta práctica, señala, constituye un acuerdo tácito, reconocido por los tribunales, que no ha sido objeto de renegociación ni renuncia por parte de los trabajadores, haciendo mención a la sentencia Rol N° 49.812-2020 de la Ilustrísima Corte de Apelaciones de Santiago, donde se concluyó que el pago íntegro de las remuneraciones durante las licencias constituía un acuerdo tácito y su alteración vulneraba el derecho de propiedad de los trabajadores asistentes de la educación dependientes de la Dirección de Educación de la I. Municipalidad de Santiago.
En esa línea, la Corte señaló que la existencia de un supuesto acuerdo tácito no puede prevalecer frente a la normativa vigente, pues ello implicaría aceptar un acto contrario a derecho. De este modo, el descuento de remuneraciones por licencias médicas rechazadas no sólo es posible, sino obligatorio, ya que lo contrario configuraría un enriquecimiento ilícito.
Concluyendo que el actuar de la recurrida no puede ser calificado como ilegal o arbitrario, pues sólo se han limitado a dar aplicación a la normativa vigente.
Apelada dicha decisión fue confirmada por la Corte Suprema
Corte Suprema rol N° 13.725-2025
Corte de Apelaciones de Santiago