Este ecosistema es habitado por un importante y diverso conjunto de aves silvestres, residentes y migratorias.
Este 26 de julio el Diario Oficial publicó el Decreto Nº 23 del Ministerio del Medio Ambiente, en el que declara Santuario de la Naturaleza al Humedal Bahía Quinchao.
Con esto, se protege un ecosistema que se destaca por la importante productividad biológica del humedal costero presente, lo que le ha valido el reconocimiento internacional como lugar de importancia para la conservación de las aves, como Área Importante para la Conservación de las Aves (IBA) y como Área de la Red Hemisférica de Reservas para Aves Playeras (RHRAP).
Dentro de la avifauna del área cabe destacar la presencia del flamenco chileno y el zarapito de pico recto como aves playeras migratorias que visitan el humedal para alimentarse durante su temporada no reproductiva.
Además, existe un importante conjunto de aves acuáticas residentes en el humedal durante todo el ciclo anual, como el pato jergón chico, el pato real, el cisne de cuello negro, el queltehue, el pilpilén, la gaviota dominicana, la gaviota cáhuil y el pato quetru no volador. El flamenco chileno y gaviotas utilizan las zonas donde desembocan los dos esteros de agua dulce al humedal como áreas de forrajeo durante los momentos de marea baja.
Asimismo, el humedal costero de Quinchao es un sitio importante para el desarrollo de actividades humanas como la recolección de algas y mariscos para consumo familiar.
De esta manera, con el decreto se establece que el plan de manejo del área contempla acciones recaídas en especies hidrobiológicas sometidas a medidas de administración, conservación y/o de regulación, conforme a la Ley General de Pesca y Acuicultura, o en actividades asociadas a dicha ley, estas acciones deberán ser compatibles con dichas medidas.
Finalmente, se establece que la superficie aproximada de este sector es de 102,8 hectáreas, se encuentra emplazado en la comuna de Quinchao, provincia de Chiloé, Región de Los Lagos, y quedará bajo la administración de la Ilustre Municipalidad de Quinchao, y bajo la supervigilancia y custodia del Ministerio del Medio Ambiente.