La Contraloría General de la República se encuentra dentro de los puntos de discusión más importantes del proceso constitucional. Mientras que la Comisión Experta apuesta por mantener la autonomía que tiene el organismo, consejeros de oposición han presentado enmiendas que buscan generar un mayor control interno de las atribuciones y decisiones del Contralor.

El tipo de gobierno está dentro de los principales debates en el proceso constitucional actual. En ese sentido, los comisionados proponen reforzar la figura del Presidente de la República, además de mejorar las atribuciones del Congreso Nacional, pero sin disminuir las facultades del mandatario de turno.