El máximo tribunal confirmó que la Contraloría actuó dentro de sus atribuciones legales al liberar solo parcialmente a funcionarios que percibieron remuneraciones en exceso, pese a haberse acreditado buena fe.
El 13 de enero de 2026, la Corte Suprema rechazó un recurso de protección interpuesto contra la Contraloría General de la República y la Dirección Nacional de Fronteras y Límites del Estado (Difrol), validando la legalidad de una condonación parcial de sumas percibidas indebidamente entre 2013 y 2018. La decisión se dictó en la causa Rol N° 13.591-2025 y revocó el fallo previo de la Corte de Apelaciones de Santiago.
La acción de protección se interpuso en contra de la Contraloría General de la República y la Dirección Nacional de Fronteras y Límites del Estado (Difrol) en contra de la Resolución Exenta N° 14.397/2024, que rechazó el recurso de reposición entablado en contra de la Resolución Exenta N° 9.201/2024, del mismo origen, que acogió parcialmente sus solicitudes de condonación de los montos adeudados a la Difrol, por concepto de asignaciones percibidas indebidamente entre septiembre de 2013 y agosto de 2018.
El conflicto se originó tras una revisión interna de la Difrol, que detectó la aplicación errónea de una tabla de conversión a dólares en el cálculo de remuneraciones de un grupo de funcionarios. El error produjo pagos mensuales superiores a los legalmente procedentes durante casi cinco años. Reconocida la percepción de buena fe, la entidad solicitó a la Contraloría la liberación total de la obligación de restitución, petición que fue solo parcialmente acogida en 2024.
Mediante la Resolución Exenta N° 9.201/2024, la Contraloría condonó el 50% de los montos adeudados y fijó un sistema de cuotas para el reintegro del saldo. Posteriormente, rechazó el recurso de reposición interpuesto contra esa decisión, lo que motivó la acción constitucional. Los recurrentes alegaron arbitrariedad e ilegalidad por no haberse otorgado una condonación total y por efectuarse descuentos en sus remuneraciones.
La Tercera Sala de la Corte Suprema centró su análisis en el artículo 67 de la Ley N° 10.336, que faculta expresamente al Contralor para ordenar descuentos por pagos indebidos y, excepcionalmente, liberar total o parcialmente de la restitución cuando exista buena fe o error justificado. El tribunal sostuvo que dicha liberación no constituye un derecho del funcionario, sino una potestad discrecional que debe ejercerse mediante resolución fundada.
La Corte concluyó que la Contraloría explicó de forma suficiente las razones para limitar la condonación. Consideró la naturaleza de los recursos públicos, la complejidad del cálculo del estipendio, la ausencia de intervención de los funcionarios en el error y, especialmente, su capacidad económica y circunstancias personales al fijar las cuotas. Al existir fundamentación explícita, se descartó la arbitrariedad alegada.
El fallo agrega que la Difrol no incurrió en ilegalidad alguna, ya que se limitó a ejecutar los descuentos ordenados por el órgano fiscalizador. Con ello, la sentencia refuerza un estándar de deferencia hacia las decisiones técnicas y fundadas de la Contraloría en materia de restitución de fondos públicos, confirmando que la buena fe no impone automáticamente una condonación total.